自乱阵脚至正二十三年(公元1363年)四月,元顺帝再次屈从于皇太子,下诏命扩廓帖木儿统兵进讨孛罗帖木儿。一个月后,爱猷识里达腊再次逼迫元顺帝下令扩廓帖木儿进讨孛罗帖木儿。扩廓帖木儿分兵三路,一路由部将白琐住率领开赴京城御守,另外二路军队进逼孛罗帖木儿驻守的大同。
孛罗帖木儿怒杀搠思监、朴不花二人,留下一部分军队守卫大同,他自己则带着秃坚帖木儿、老的沙,率领主力大军直捣大都,扬言要尽除朝中奸臣。京城大震,爱猷识里达腊亲自率领军队迎战,结果大败而回,在白琐住军队的护卫下匆匆逃往太原扩廓帖木儿军中。孛罗帖木儿拥兵入城,偕同秃坚帖木儿、老的沙面见元顺帝。元顺帝当即任命孛罗帖木儿为中书左丞相,老的沙为中书平章政事,秃坚帖木儿为御史大夫。不久,又提升孛罗帖木儿为中书右丞相,节制天下军马,总揽国家大权。
孛罗帖木儿上任后,立即杀了元顺帝宠幸的&ldo;倚纳&rdo;和近臣,驱逐西藏僧人,幽禁奇氏。至正二十五年(公元1365年)三月,爱猷识里达腊下令扩廓帖木儿与李思齐出兵声讨,并调遣岭北、甘肃、辽阳、陕西等地军队增援。孛罗帖木儿派遣秃坚帖木儿率兵进讨上都皇太子同党,又调兵南下抵御扩廓帖木儿军队。这个时候,孛罗帖木儿荒淫无度,在数月之内,共纳四十多女子为妾,整天与老的沙等人饮酒作乐,甚至酗酒杀人。朝臣都对他心怀恐惧,元顺帝渐渐失去了对他的信任。朝中倾轧、军阀混战以爱猷识里达腊和扩廓帖木儿的胜利而告一段落,步步退却的元顺帝仅仅保住了皇帝宝座。
覆灭前的窝里斗在这期间,朱元璋的队伍迅速崛起,直接威胁着元朝控制下的北方地区。朱元璋先后剪除群雄,声威大震,决定派兵北伐,灭亡元朝。
这时,元朝内部宫廷斗争更甚。爱猷识里达腊逃奔太原时,曾想仿效唐肃宗在灵武称帝的故事,自立为帝,扩廓帖木儿不同意。孛罗帖木儿被杀后,奇氏传旨到军中,命令扩廓帖木儿以重兵扈从皇太子入京,目的在于胁迫元顺帝退位。奇氏再次劝扩廊帖木儿出面逼使元顺帝让位与皇太子,扩廓帖木儿又予以拒绝,由此得罪了奇氏母子。元顺帝本与扩廓帖木儿不和,又忌他兵权太重,朝中大臣也觉得他年纪轻、资历浅,不把他放在眼里。在军中娇纵惯了的扩廓帖木儿做了两个月的左丞相,很不得志,在京城实在呆不下去了,只好上奏元顺帝,请求外出带兵。
至正二十五年(公元1365年)闰十月,元顺帝封扩廓帖木儿为河南王,命他代皇太子总制天下军马,进讨江淮。扩廓帖木儿率大军离开大都后,不仅无意整军出战,反而借元顺帝授予他的军事大权,随意征调各路军队,引起军阀头目不满,元顺帝开始怀疑他有叛逆之心。
至正十七年(公元1367年)八月,元顺帝严厉责备皇后与皇太子,他说:&ldo;过去孛罗帖木儿举兵进犯京师,而今扩廓帖木儿总兵天下,很不得利,你们母子误了我的天下。现在国家分崩离析,困难重重,都是你们母子造成的!&rdo;说完,元顺帝怒气冲冲地打了爱猷识里达腊几拳。
尔后,下诏命皇太子总制天下兵马,并令扩廓帖木儿率领本军自潼关以东出兵江淮,李思齐自凤翔以西进取四川,张良弼、孔兴、脱列伯共取襄樊。
但诏书虽下,皇太子坐视不动,扩廓帖木儿及诸路军阀也都拒命不受。此时,扩廓帖木儿的部将貊高、关保见主帅不奉君命只顾打内战,便倒向朝廷一边,转过头来攻打扩廓帖木儿,得到了元顺帝的支持。
迎接新的王朝至正二十八年(公元1368年)正月,朱元璋在南京称帝,建国号为明。二月,徐达率军攻占山东各地,接着回师河南,兵锋直指汴梁、洛阳,而元朝军阀内战仍在继续。这年闰七月,元顺帝见局势不妙,只好再恢复扩廓帖木儿河南王和中书左丞相的职务,让他率军南下,幻想依靠他挽回败局。这时,明军已经会师山东临清,直趋大都。
至正二十八年(公元1368年)闰七月二十八日,徐达率领明军攻陷通州,元顺帝闻知,不顾大臣们的再三劝阻,决意出逃。当晚,元顺帝率同后妃、太子和一些大臣,打开健德门逃出大都,经居庸关,奔向上都。
八月二日,徐达率军攻入大都。至此,统治了97年的元朝政权宣告结束。明洪武三年(公元1370年)四月,做了35年皇帝的元顺帝因痢疾死于应昌(今内蒙古达里诺尔西南)。其子爱猷识礼达腊继位,携残部退到塞外和林一带,史称北元。
到洪武二十年(公元1387年),占据辽东的纳哈出归降明朝,朱元璋前后用了35年多的时间,至此才完成了全国的统一。
起义带来的重大意义元末农民起义前后历时17年,是继唐末黄巢起义之后的又一次全国性的大规模农民起义,在我国历史上占有重要的地位。从北宋以来,长期积累的土地兼并和土地集中问题,经过这次大起义之后,才算获得了一次较大幅度的调整和缓和,从而促进了社会生产力的发展,使明初的&ldo;移民垦荒&rdo;成为可能。明初土地关系之所以能获得一定程度的缓和,正是元末农民战争之赐。
其次,在这次大起义中,大批奴隶得到了解放。奴隶在斗争中获得解放的事实,具有普遍意义。《大明律》规定:&ldo;庶民之家,存养奴婢者,杖一百,即放为良。&rdo;这说明农民起义中奴隶身份获得解放的事实,在法律上得到了进一步的肯定。