1250年。忽必烈灭大理国后北归,留下兀良哈台继续经略云南未服诸部。1258年,这支蒙古军侵入安南(在今越南北部)。安南王迎战失利,从京城升龙(今越南河内)走避海岛。蒙古军因暑热撤兵。安南王旋即遣使求附,&ldo;乞三年一贡&rdo;。忽必烈前期,元廷以入朝、纳质、括户、签军、输赋、置达鲁花赤监临&ldo;六事&rdo;责安南王。安南王巧辞抗命,与元政府周旋达十余年。灭宋后,元朝将有事于海外,想在安南置省,以便控制相邻的占城(在今越南部)、真腊(即今柬埔寨)、暹国(在今泰国境内)、缅国(即今缅甸)等东南亚诸国,乃于至元二十一年(1284)以假道征占城的名义侵犯安南。
安南之地林密雨多,暑蒸疫厉。当地军民抵抗外敌的惯用战略,是先以狙击拒敌,破其锐气,继而坚壁清野,走匿山林,等待暑雨疫作,使敌粮尽师老,被迫撤兵;这时他们又主动围追堵击,处处设伏,把入侵军队的撤兵行动变成一场大溃退。1284年的对元战争,以及1287年、1288年两次举国抗元的行动,安南所采取的都是这样的作战方略。元军回国后,安南王遣使求和,向元朝贡献一个金人代替自己亲朝天子。此后两国通使往来,元朝也没有再提出要安南王入朝和置官钤压的事情。
占城在元初尚是安南属国。1280年,占城国主向元称臣。贡宝物、犀象。次年元封之为&ldo;占城国王&rdo;,又设占城行省,作经略南海各国的前沿。至元十九年(1282)末,元廷以占城拘留经行其地的元朝使臣,诏原先受命&ldo;即其地主省以抚安之&rdo;的唆都由海道率师进征。占城军先在国都(在今越南归仁)西郊筑木城抵拒,失败后退兵入山。又借安南、真腊等国兵抗元,诱其深入而围击之。元军作战逾年,不能结束战局。至元二十一年(1284)三月,元朝增援军队赶到占城,这时唆都已奉命从占城北攻安南。元后至之师谕降占城王,乃还军。嗣后占城遂同时向元廷和安南纳贡,试图倚仗元朝阻止安南侵吞其国土。1320年代,占城打败安南军事进攻,停止向安南入贡,但仍维持向元朝的贡奉。
元朝从占城退兵次年(1285)。占城入贡。同来的还有真腊国的使臣。至元二十九年(1292),与元朝出征爪哇的军队一起南行的使臣曾访问真腊,但这次使节一去后即不见消息。元成宗即位后,乃再遣使招谕,使团中有周达观。他们在元贞二年(1296)从明州浮海,秋天抵真腊。周达观在真腊留居一年,归著《真腊风土记》,记录了吴哥时代柬埔寨社会文化的许多有趣现象。真腊国势已在下衰,国内有些地方因与暹人交战而成旷土。柬埔寨的名称也出现在元代汉语史料中,作&ldo;干不昔&rdo;、&ldo;甘不察&rdo;等。
11世纪后期,散布在今澜沧江、湄公河下游直到萨尔温江上游之间的暹人(属泰语族。今亦称泰族人),逐渐摆脱真腊控制,建立起一些独立的小邦国。1238年,湄南河上游的暹人攻占了真腊西北的首府速古台(今泰国宋家洛附近),成立暹人国家,称速古台王朝。经过半世纪左右的发展,它东据今老挝大部,西至缅国之南的白古,南面可能控制了湄南河下游的罗斛(今译老挝),乃至马来半岛北部的一些小城邦。至元二十九年(1292),暹王遣使到广州向元朝致意。忽必烈遂于次年派使节赴暹。据《元史》,成宗即位初,有&ldo;必察不里城敢木丁&rdo;使臣入贡。必察不里是暹国的属城之一,敢木丁即kaorntengaan的音译,意谓国王。这时候速古台王朝在位国王为坤拉玛甘王。成宗初遣使来华的这个&ldo;敢木丁&rdo;,究竟是速古台朝的国主坤拉玛甘王,或者只是必察不里的城主,现在很难确定。中国的瓷器制作技术,大约就在这前后传入速古台朝。
罗斛是孟族人建立的政权。罗斛与元通使,略早于暹国。14世纪中叶,一个出身泰族的孟族君主女婿控制了暹国大部,迫使衰落中的暹国臣属罗斛。这个兼并了速古台朝的大国于1350年移都阿瑜陀耶(ayuthaya,&ldo;大城&rdo;的意思,今译犹地亚,即今泰国大城府)。明代史料称之为暹罗。
今苏门答腊岛中部詹卑河流域,十三四世纪时是马来人建立的明囊伽宝王朝中心地区。蒙古人依据该王朝建立者的族属,称它麻里予儿或木刺由。王朝的势力,北面到达今马来半岛。13世纪下半叶,暹国势力南下,与麻里予儿争夺马来半岛。麻里予儿向元朝称臣后。大概想请求元朝出面,调停与暹国的关系。所以元成宗即位之初,曾诏令暹国&ldo;勿伤麻里予儿&rdo;。
麻里予儿以南的爪哇国,在元朝灭宋后开始经营南海时,正由新柯沙里王朝统治。爪哇国王对元朝的招谕令心怀不满,乃于1289年将元使黥面遣归。至元二十九年(1292)冬,元军由泉州出海南讨,于次年春到达爪哇。这时新柯沙里王朝正与它的邻邦小国打仗,国王被杀。国王女婿土罕必阁耶假降元军,要求元军助其破敌。乱平后,土罕必阁耶倒戈相向。元军因为助其攻战时已遭受损耗,无力与争,被迫撤兵归国。土罕必阁耶建麻喏巴歇王朝,于1295年遣使与元朝修好。
元朝与缅国的联系,多取道经由云南的陆路,所以蒙缅交涉略早于元廷宣谕南海各国。1270年代前期,元使两至缅国。一次没有见到缅王,一次因违反上座部佛教的戒规被缅王处死。1277年,缅国又出兵进犯云南边界上已降附元朝的金齿部落(今泰族的先民部落)。元云南行省驻军大破缅军象阵,追至江头城(在今缅甸蛮莫县)。至元二十年(1283),元朝在灭四川宋军残余、荡平西南后经过四年准备,由云南出师征缅。缅王从都城蒲甘(在今缅甸敏建西南)出逃,并于1285年向元军求和。1287年,缅王在返回蒲甘途中被己子毒杀,缅国内乱。元军在云南王忽哥赤率领下再入缅甸,进占蒲甘城,不久退兵。蒲甘王朝瓦解。各地贵族和操泰语的掸族势力急剧扩大。从这时起至13世纪末,许多自王一方的掸邦各自降附元朝。