两军的交战在炮兵的相互射击中开始。虽然葡萄牙人的炮兵在质量上占据优势,
但佐佐成政的炮兵已经加上了瞄准刻度,同时因为是提前打埋伏,射击标注都做好了。
于是很不幸地在第一轮炮击中便炸死了葡萄牙的炮兵的指挥官。
可还没等佐佐成政给出信号,摩洛哥军队抢先发起了冲锋。大量位于第一线的安达卢西亚人顶着火炮与方阵中火枪手的连续射击,成功地占领了葡萄牙人的炮兵阵地,可也损失惨重,死伤了2ooo多人。
在步兵进攻的同时,摩洛哥的骑兵也在两翼展开了大范围的包抄。他们用手中的火绳枪不断射击葡萄牙人部署在两翼的重骑兵部队。后者由于装备了质量较高的板甲而不必太担心火枪在远距离上的射击。又因为常年在北非与轻骑兵作战的丰富经验,让他们绝不会冒失地发起追击。远征军部署在两侧的散兵则用火枪还击,给予己方的骑兵以支援。
看到自己的炮兵被击溃,葡军第一线的精锐方阵部队立即发起了反攻。无论是中央的贵族部队还是右翼的德意志-瓦隆方阵和左翼的卡斯蒂利亚-英格兰方阵,都举起手中的长枪,以密集的方阵发起冲锋。方阵两侧的火枪手也在前进中不断填装射击,有效地压制了对面的安达卢西亚人。在枪矛林立的方阵面前,摩洛哥第一线步兵被无情的击溃。
葡萄牙全军乘势发动了反击,逼近了对方第二线的背教者部队。随即,更为血腥的近身肉搏战在两者之间爆发。而部署在他们外围的重骑兵也看准机会,同时发动夹击。在两股重装部队的夹攻中,摩洛哥军队处于崩溃的边缘。
然而,由于葡萄牙军队的反击,使得自己在不知不觉中离开了由辎重车和河流组成的防御阵地。大量摩洛哥轻骑兵开始从葡军的侧翼绕到他们身后。
位于第二线位置的葡萄牙民兵部队因为缺乏训练,无力承受这样的高强度袭击。而佐佐成政因为张信之前命令是如果战况对我方有利就远程支援,不利就率先逃跑,于是做视摩洛哥军队不断的包围了塞巴斯蒂安和恩里克一世
当国王和民兵先后开始动摇溃退后,第一线的步兵和骑兵都陷入了摩洛哥军队的包围之中。最后当摩洛哥轻骑兵杀到国王面前时候,恩里克一世还在组织民兵反击,熊孩子塞巴斯蒂安国王却带人逃跑了,在阵地中好歹有人保护着,你跑了那就不好说了,果然塞巴斯蒂安没跑出去多远,马匹就被乱枪射中,可当佐佐成政派人要去抓俘虏时候,小国王被人撞进马哈赞河里,身上压了四五具尸体。
铃木重兼跑过去把小国王拉出来时候,发现他已经淹死了,这下有点大条,张信给他们的任务最好活捉小国王,用他换一些利益。而这时候怂恿葡萄牙人入侵北非的阿卜杜拉正好路过要抢回小国王,但让他没想到的是铃木重兼后面的火枪队直接开枪了,三王战役,佐佐成政干死两个,可当佐佐成政他们把两个王的尸体带到联军大营时候,发现一群人围着主营帐,奥斯曼近卫军将军伊尔马兹跟佐佐成政说:马利克苏丹战死了,是被基督教的刺客杀死的,我们只能对外说战死或者伤重不治。
可这时候伊尔马兹才发现佐佐成政的人带了两个尸体回来,马利克的兄弟艾哈迈德这时候也出来了,佐佐成政说:我们,我们打死了葡萄牙国王和阿卜杜拉,这是尸体。
艾哈迈德等人看着两人的尸体,再看看佐佐成政他们一时半会儿说不出话来
此战胜利不仅为艾哈迈德竖立了巨大的威望,同时被拥立为摩洛哥素丹,称“曼苏尔”(al-mansur,意为常胜)。大量欧洲战俘与缴获的武器也成为了摩洛哥加强军备的一针强心剂,帮助他摆脱了对奥斯曼帝国的控制。十多年后,他的军队又南下西非腹地,消灭了当时最大的黑人帝国——桑海帝国,使得摩洛哥一跃成为非洲西北部的地区强国这是后话
对于葡萄牙人来说,马哈赞河之战的失败则是灾难性的。葡萄牙军队在马哈赞河之战的惨败中损失了包括国王在内的8ooo将士,而包括更多大小贵族在内的15ooo名士兵成为了摩洛哥人俘虏。但恩里克一世还是带着2ooo多人逃出了包围圈到了维吉尔
更为要命的是国王塞巴斯蒂昂在战死前并未留下带有自己血统的继承人
塞巴斯蒂昂战死后,葡萄牙贵族们从王室的近支亲属中找出了红衣主教亨利。但年事已高的主教,根本无法继任国王,还没上任就死了,
五月,费利佩二世宣布自己将成为新一任葡萄牙国王。理由是他的母亲是前葡萄牙国王曼努埃尔一世的女儿。在塞巴斯蒂昂和亨利先后去世的情况下,他的血统最为适合继位。但葡萄牙贵族们却选择支持塞巴斯蒂昂的同父异母兄弟,同样是僧侣出身的安东尼奥来做他们新的国王。这种支持私生子继位的方法,曾帮助葡萄牙免遭强邻吞并的威胁。
愤怒的菲利普二世,随即在当年下令军队入侵葡萄牙。2oooo名驰名欧洲的西班牙老兵,在名将阿尔瓦公爵(费尔南多·阿尔瓦雷斯·德·托莱多)的率领下开始浩浩荡荡的进入葡萄牙境内。安东尼奥的支持者们,既没有足够的财力去其他国家招募雇佣军,也没有多少可以站出来死战的军事贵族。他们只能临时集合大批民兵,组成一支临时军队去迎战当时欧陆最强大的陆军。
在两国交界的阿尔坎塔拉,3ooo西班牙士兵遇到了8ooo葡萄牙军队,对方有5oo骑兵和3o门大炮,而这支西班牙军队只是刚刚凑起来地方军队,可还没开战,两边军队就听到了一阵奇怪的海螺声音,只见不远处一队穿着红色铠甲的骑兵走了出来足足有上千人,而骑兵旁边的又是一队上千人的火枪部队,火枪部队前面则是上百门火炮,当他们的旗帜亮出来时候,葡萄牙军队主帅卡瓦略侯爵知道这是日本军队来了。
日本军队一顿三发集射后,葡萄牙军队一片狼藉,还没等他们组织好方阵,日本的重甲骑兵和重甲步兵就杀了过来,而西班牙士兵也趁机过去收割人头。
战后,西班牙军队损失1oo人,日本军队受伤4o多人,葡萄牙军队战死4ooo多人,3ooo多人被俘虏,之后吉川元春全军高歌猛进地抵达了里斯本
志在必得的菲利普二世,很快也亲自赶赴里斯本。这位精明的政治家以异常怀柔的政策宣布,将不会合并葡萄牙与西班牙的独立议会,并用西班牙宫廷的职位开始笼络举棋不定的葡萄牙贵族。最后,他甚至准备将首都从马德里搬到里斯本。
六月底,吃了败仗的安东尼奥则开始了流亡生涯,继续为自己的一丝希望与西班牙人为敌。考虑到葡萄牙的海军和海外领地,都很快都默认了菲利普二世的占领。安东尼奥只能去那些对西班牙时刻保持警惕的国家,寻求可能的援助。
在大西洋上的亚速尔群岛,中部的几个岛屿依然坚定地支持安东尼奥,并同西面与东面数个岛屿发生了分裂。那里也成为了安东尼奥日后尝试复国的唯一立足点。由于一个大事件的发生,菲利普二世只能停止进攻转而动用军队去当地镇压当地人的反抗。