纳粹分子大肆杀害盟军战俘特别是苏军战俘的罪恶行经,大部分是在集中营或灭绝营内完成的。在奥斯维辛和毛特豪森、萨克森豪森等集中营,苏军战俘作为极端的异己势力被蓄意大量杀害。1941年9月3日,奥斯维辛集中营的部门负责人、党卫军上尉弗利奇,在主营进行新型毒气奇克隆‐b的功能试验。他挑选出来的试验对象不是犹太人,而是600名苏军战俘和250名波兰重病囚犯。集中营当局还故意加重苏军战俘的劳动强度,削减其营养标准,甚至只因轻微的过错,就把他们作为对抗当局、破坏营内秩序的罪名送往政治部严刑拷打,直至大批处决。从1941年8月到1945年初,仅在奥斯维辛一处,非正常死亡的苏军战俘即多达15万人以上。布亨瓦尔特集中营的纳粹医生还独出心裁地发明了一种简便易行且不易为受害者觉察的日常杀人方法,专门以苏军战俘为对象:每天,都有一批苏军战俘接到通知,要求他们逐个进入医疗所测量身高。一进入指定房间,站好位置后,医生就开始按电钮。不过,落到他们头顶上的不是卡尺,而是一块急速下降的下端极为尖锐的圆锥型大铁块,一经扎人脑颅,就造成测量者当场毙命。党卫军护士只需拉走尸体,再擦去少许溅在墙上、地上的血迹,就笑盈盈地叫喊下一个受害者进来接受检测。每天,受害者的数量都往往在5人以上。
在斯莫棱斯克,德国军医舍姆、盖特勒、米勒、奥特、施泰芬、瓦格纳,在其他军医部门人员协助下,在给予新药的幌子下,对被俘的苏军官兵肆意进行各种医学试验。其后,又通过注射砒霜和羊角拗质等剧毒制剂将他们杀害。驻扎在斯莫棱斯克的德军第551战地医院卫生员莫迪什,使用注射毒剂的手段杀害了24个苏军伤病战俘。此外,他还从6‐8岁的苏联儿童身上抽取大量血液输入到德军伤员体内,而这些可怜的孩子们大量因过度失血死去。在1944年8月开始的华沙起义中,不少德军军医也对战俘扮演了不光彩的角色:例如,德军在华沙切尔尼亚科夫斯卡大街的奇特罗恩工厂俘获了一个起义者的医院,德国军医舒尔策发现了两名需要立即进行手术的重伤员。然而,他不但拒绝给他们做手术,反而掏出手枪将2人击毙。至于德军枪杀被俘的盟军医院军医和护士的事件,更是屡见不鲜。
在德国三军对被俘人员实施人体试验的罪行中,空军是最积极、参与最广泛的一家。在空军医务系统内,上至空军元帅米尔希、医务总教授希普克博士,下至军医中尉奥斯卡&iddot;施罗德,许多医生、教授、博士都参与了使用集中营囚犯进行高压仓试验和冷冻试验的残暴行为,他们的&ldo;科学研究&rdo;直接造成至少数以百计的战俘痛苦不堪地死亡。
苏军战俘尤其是其中的女战俘,还被大量用于代替豚鼠作为惨无人道的活人试验。在奥斯维辛集中营的布纳分营,纳粹的医生、药剂师和化学家,使用苏军女战俘进行新药和新型制剂的试验,每次被试验人数都在100人以上。此前,这些新药和新试剂往往未经任何动物试验,因此带有极大的风险。从战后盟国人员掌握的部分材料分析,至少有三批接受注射荷尔蒙新型制剂的苏军女战俘在经过注射后数日内全部死亡,死亡人数分别为150人、170人和200人。另有确凿证据证实,至少有数十名年龄在26岁以下的苏军被俘女官兵,被送进奥斯维辛主营出号楼,接受舒曼和克劳贝格医生的绝育试验手术,并在多次试验后,因不再具有试验价值,而被驱赶到比克瑙分营的几个毒气室杀害。在布亨瓦尔特、达豪、萨克森豪森集中营,苏军女战俘在经历其他种类的医学试验后,又被特列宾斯基等纳粹医生注射毒剂杀死灭口。有些面貌出众的女战俘,还被集中营当局选中,强迫她们在营中妓院充当营妓。其中染上性病的不幸者或被迫怀孕者,最后依然逃脱不了被毒杀的悲惨命运。
1944年11月,纳粹德军奉命将手中的所有苏军战俘移交给盖世太保。此举进一步加快了苏军战俘被杀害的规模和速度。
党卫军帝国司令官希姆莱对其手下肆意杀害苏军战俘的行为持纵容和支持的态度。1944年9月,他竟亲临毛特豪森集中营视察,观赏集中营司令官特意为他安排的一场&ldo;处死50名苏军军官的精彩表演&rdo;。到战争结束,被纳粹德军俘虏的580万苏军战俘中,除100多万人参加了卖国贼安德烈&iddot;弗拉索夫的伪军‐‐俄罗斯民族解放军或充当纳粹集中营看守外,只有100多万人幸存,另外的300多万人全部被有组织地杀害或死于疾病与饥寒交迫。
美、英以及西欧国家落人纳粹德国手中的战俘,其生活待遇一般来讲要明显优越于苏军战俘,但也多次遭到被杀害的结局。突出的一例是47名美、英、荷兰被俘飞行员的悲惨境遇。1944年夏天,上述47名飞行员在对德国的一次轰炸中飞机被击落,跳伞后被俘。他们全部被纳粹法庭判处死刑,并押送到素以杀害战俘闻名的毛特豪森集中营执行死刑。集中营司令官马克斯&iddot;齐莱斯认为,无论使用枪决还是绞刑,都对飞行员们太便宜了。他于是采用了一种让他们吃尽苦头的处决办法,送他们去采石场做工,让不堪忍受的苦役和毒打把他们慢慢地折磨死。他们惨死的情景是后来由幸存的战俘讲述的:毛特豪森集中营的采石场是一个巨大的盆地,从地面上有一条用80块粗糙的大岩石块垒起的阶梯通往盆地底部。这47名空军战俘,每天光着脚,只穿衬衣和短裤,有的光着膀子。他们抱着或扛着25公斤到30公斤重的石块,沿着石台阶往上走,时不时地饱尝拳打脚踢,甚至被有意投下的石块砸伤。搬到地面还来不及放下,就又被赶下去,强迫他们搬一块比前一回更重的大石块。这样折腾了一天,到晚上收工时,已有21人活活累死。次日,党卫军又用同样的手法对付还活着的人。到第二天晚上,就只剩下一个活人了。