革命政府自上一年5月以来,与撒丁国王一直处于战争状态,撒丁国王从其首都都灵还统治着肥沃的皮埃蒙特平原。执行委员会几个月来一直计划攻占位于撒丁北端的马达雷纳岛。该岛控制着通过博尼法乔海峡的重要航线。一旦攻克这个小岛就可以以此为垫脚石在卡利亚里登陆,进而完全征服撒丁岛。一支远征军预定自土伦出发,由特鲁格特海军少将率领的法国地中海舰队护航,中途在阿雅克肖与保利提供的一支科西嘉义勇军分遣队会合,再前往马达雷纳岛登陆。在途中他们还要攻占一个名叫圣斯蒂法罗的岩石小岛。当时,执行委员会正专注于审判国王,加之计划一改再改。与保利就科西嘉义勇军的派遣规模问题也争论不休,所以远征军一直拖到1793年1月8日才离开土伦。这时,法军分遣队的兵力已减少到只剩4,000名未经训练,纪律涣散的马赛义勇兵。他们一到阿雅克肖便与当地的科西嘉人发生了流血冲突。2月15日和16日远征军向卡利亚里发动了一次海上佯攻,但是参战的马赛义勇兵惊慌失措,最后不得不撤回阿雅克肖。2月22日远征军终于离开了博尼法乔,由一位年长的科西嘉保安军上校塞沙里任指挥官,拿破仑中校任副指挥官。拿破仑除了指挥他自己的科西嘉营外,还指挥远征军的一支由一门6英寸臼炮和两门4磅炮组成的炮兵分队。远征军在轻而易举地攻克圣斯蒂法罗后,继续向马达雷纳进军。在那里,他们包围了一座圆形海防石堡,迫使守敌次日就缴械投降。来自马赛的水兵认为他们的仗已经打够了,发生哗变,强迫软弱无能的塞沙里把部队撤回船上。2月25日部队毫无秩序地向船上撤退,拿破仑不无羞愧地被迫把他的三门炮扔在海滩上。这在一位炮兵军官的生涯中的确是一个不妙的开端,然而他对这次远征的计划和指挥是没有任何责任的。充其量可作为一次教训而铭记在心,今后如采取类似的联合行动必须加强训练并有良好的纪律。
回到阿雅克肖后,拿破仑重新投身于当地的政治之中。由于远征马达雷纳以失败而告终,法国政府与保利之间的裂痕也日益扩大,而拿破仑此时再次站在巴黎政府一边。他试图以其义勇兵夺取保利派据守的阿雅克肖城堡未遂,结果不但其义勇兵被击败,连他本人也不得不藏匿起来。最后,拿破仑全家也被迫离开该岛。他们从卡耳维启程1793年6月13日到达土伦。这位年轻的科西嘉人自此放弃了其故乡的事业,干脆与法国革命共前途同命运。
作为一个科西嘉流亡者,拿破仑现在最重要的事就是尽快在法军中复职。他把家安顿在马赛之后,便向当地炮兵指挥官报到。这位指挥官不是别人,正是他在奥松时那位老校长的兄弟‐‐著名军事作家,琼&iddot;杜特将军。拿破仑被派往法国地中海沿岸的岸防炮台,组织锻造厂,准备炽热弹以对付英国战舰。当时法国正处于恐怖时期的顶峰。6月初,巴黎国民公会中较为温和的吉伦特派被雅各宾派推翻。然而在法国南部同情保皇党的却大有人在,尤其是在马赛、土伦等重要城镇。7月15日,拿破仑本当前往阿尔卑斯军团接管一个野战炮连,却临时受命指挥为镇压当地反革命活动而组建的一支部队的炮兵。这支部队的指挥官是卡尔托将军,他本是一个画家,不过曾在龙骑兵团和宪兵部队当过二十年骑兵。法国南部大部分地区的叛乱,不出一个月就相继被平定了。拿破仑这时利用几天空闲时间写了一本值得注意的政治小册子,名为《博盖尔的晚餐》,旨在说服马赛人民以国家统一为重,顺从执政的雅各宾派。这篇文章表明其作者无论是在政治事务还是在战略原则方面都掌握了广博的知识。
然而,吉伦特派当时仍控制着土伦海军基地,而该基地又正处于英国海军上将胡德勋爵所统率的英国舰队的严密封锁之下。由于封锁造成的饥饿威胁,土伦执行委员决定在8月27日把基地交给英国海军上将。港口由一个英国海军中队占领,城镇和要塞则交由二千名英国陆军和海军陆战队士兵据守,另有一支由一万五千名西班牙、撒丁和那不勒斯军队士兵组成的不可靠的混合部队作后援。
土伦港为地中海一良港,朝海的那一面有两座东伸的岩岬护卫。里面的一座叫拉塞因,它把内港(小锚地)和外港(大锚地)隔开并由两座岸防炮台防守,一座叫勒吉耶蒂堡,另一座叫巴拉古尔堡。这些炮台只能朝海上发射而不能向内陆发射。在城区和船坞之北矗立着法隆山屏障。法隆山是一座高一千八百英尺,长二英里,东西走向的陡峭峻岭,山顶碉堡林立,从东西两面封锁着内陆进入港口的通道。其防御周界全长十二英里,需要大量守军。
根据巴黎国民公会的指示,卡尔托将军在夺取马赛后于8月底率部东进以便与拉波卜将军率领的来自尼斯的部队协力合围土伦。9月7日,卡尔托所部在土伦以西四英里处的奥利乌尔与保皇党的部队遭遇,炮兵指挥官多马尔坦在战斗中负伤。拿破仑上尉当时已调回海防部队。9月16日,他去昂蒂布恰好路过奥利乌尔。更巧的是,波拿巴家族的老朋友,科西嘉人萨利切蒂就在卡尔托的这个部队里当特派员。此人当时是国民公会里有影响的政治家和资深代表。在他的推荐下,拿破仑被指派接替炮兵指挥官多马尔坦的职务。这真是机遇的巧合!
土伦此时受到卡尔托和拉波卜两支部队的围攻。拉波卜是一个旧军官,但是由于他是前侯爵,所以任命卡尔托为围城部队总指挥。关于土伦战役拿破仑在其回忆录中曾作过冗长的叙述。但其记叙是非常片面的,而且对其上司的作用不置一词,不过我们可以通过其它来源弄清事实真相。