有关奥军在因河右岸集结的报告不断送至拿破仑手中。3月24日,他命令用马车把近卫军从西班牙运回巴黎,以便他们一天能完成三天的行程。贝西埃尔从西班牙北部地区调来指挥德意志军团的骑兵军,因为缪拉已被晋封为那不勒斯国王。贝西埃尔原来的职务则由克勒曼将军接替,后者在马伦哥战役时表现突出,调任前一直与朱诺一起在葡萄牙作战。
3月28日和30日,拿破仑就德意志军团的编成和部署,向贝尔蒂埃下达了极为详尽的长篇指示。他预料奥军将在4月15日发起进攻。因为奥地利驻法大使梅特涅[注:梅特涅(1773-1859)是奥地利外交的一个反动支柱。他1803年出任驻柏林大使,1807年出任驻巴黎大使,1809年继图古特之后出任外交大臣并于1813年晋封为亲王,他在1814-1815年的维也纳议会中曾起过主要作用。]仍在巴黎,尚未申领归国护照。如果奥军在4月10日前进攻,那么法军就应在莱希河之后集结,右翼置于奥格斯堡,左翼置于因戈尔施塔特和多瑙沃尔特之间的多瑙河谷上,皇帝大本营设在多瑙沃尔特。斯特拉斯堡将作为主要的补给基地,奥格斯堡和因戈尔施塔特则为前进补给基地。此外,要在多瑙河上组织船运,输送弹药给养,还要大量烘制面包干粮。总医院应设在乌尔姆、奥格斯堡和多瑙沃尔特。德意志军团编成应如下:
第二军,拉纳[注:拉纳元帅在西班牙夺取萨拉戈萨时战功卓著,此时已离开西班牙,正在前往德意志的途中。]:三个步兵师40,000人,一个半骑兵师6,000人,火炮57门;
第三军,达武:四个步兵师45,000人,二个骑兵师6,000人,火炮66门;
第四军,马塞纳:四个步兵师30,000人,一个骑兵师5,000人,火炮68门;
第七军(巴伐利亚军),勒费弗尔:三个步兵师30,000人,一个骑兵师4,000人,火炮60门;
骑兵军,贝西埃尔:四个骑兵师6,000人;火炮6门;
合计:十四个步兵师145,000人,九个半骑兵师27,000人,火炮257门。
该军团在近期内还可望得到近卫军的增援,计有一万八千步兵,四千骑兵和六十门大炮。为了保卫交通线,还正在组建第八军,由奥热罗指挥;第九军萨克森军,由贝尔纳多特指挥;和第十军,由热罗姆国王指挥。
不过,拿破仑现在被迫陷于两线作战的境地,这是他始料不及的。3月21日,他曾写信给其兄约瑟夫,痛斥他把西班牙战事搞得不可收拾。拿破仑对下属将领一贯控制过度,集指挥大权于一身,他现在正开始自食其果。他的将军们如果仅仅具有领导者的独立工作能力并不能升任元帅,而必须在他的眼皮下执行他的命令表现出热情和主动精神。在其十八位元帅之中,唯有马塞纳和达武有能力指挥一个军以上的兵力。马塞纳在1799年曾娴熟地指挥黑尔维谢军团而拯救过法国;达武也曾完全靠自己而赢得奥尔施泰特战役。但是,内伊在埃尔欣根,苏尔特在奥斯特里茨却都是直接在拿破仑的亲自指挥下作战。他们的确是优秀的战术家,但却没有表现出任何战略天才。因此,当拿破仑无暇兼顾西班牙战场的军事行动时,其指挥系统的弱点便暴露无遗。
在西班牙的那些元帅们极为蔑视他们名义上的总司令,庸碌无为的约瑟夫国王以及他那无能的参谋长儒尔当元帅,后者甚至比不上拉纳、内伊、苏尔特、莫蒂埃和维克托,连公爵都不是。由于地理因素把该国分成了若干相隔甚远的防区,因此这些防区里的元帅们对马德里来的命令往往置若罔闻,比这更糟的是,他们还互相嫉妒倾轧从而妨碍了相互间的一切合作。此后由于拿破仑再也没有回到西班牙坐镇指挥,西班牙战场的这种不幸局面一直延续了四年,而这也正是拿破仑未能征服伊比利亚半岛的一个主要原因。
拿破仑在1月份离开西班牙之前曾指示苏尔特,一俟英军撤走,就应从加利西亚入侵葡萄牙并进占波尔图和里斯本。维克托军则应由巴达霍斯,直下瓜迪亚纳河谷,然后转入塔古斯河谷进抵里斯本,以支援苏尔特的进军。拉庇塞师由萨拉曼卡前出,负责两军之间的衔接。然而,苏尔特既未得到维克托的支援又未得到拉庇塞的呼应。最后他总算是克服了葡萄牙民兵的抵抗,于3月29日攻占了波尔图。不过六周后,他又被阿瑟&iddot;韦尔斯利爵士撵出了葡萄牙。至于内伊军,因在加利西亚为西班牙拉罗曼纳的军队所牵制,根本无法动弹。4月2日,拿破仑怒气冲冲地写信给约瑟夫:
西班牙的局势日趋严重。你怎能这么长时间不问埃尔欣根公爵(内伊元帅)的音信呢?而且,尽管拉罗曼纳在加利西亚和卡斯蒂利亚之间活动,同时在阿斯图里亚斯也出现了叛乱,你又怎么能把拉庇塞师派往南方而不把它用于北方呢?我真不明白你在干些什么?我只知道麻烦还在后面。……你的当务之急是赶紧恢复与埃尔欣根公爵的联系。
但西班牙的事情并非拿破仑的唯一烦恼。一段时间以来,他对教皇的态度也一直不满,因为他认为教皇一直在煽动奥地利人起来反对他。4月5日,他写信给在那不勒斯的缪拉说:
我已下令就此了结罗马的事情,捣毁这个暴乱的温床。……收到此信后,即请在边境集合部队并闪击罗马。……我想要萨利切蒂继续留在罗马作缪利斯将军的顾问,他们必须组织一个新政府。你可以向人们保证教皇依旧是主教,只不过他再也不能干预世俗事务罢了。