拿破仑迅速地重新组织力量向维也纳进军,因为他急于抢在查理大公之前赶到那里。多瑙河南岸的主要道路在奥地利边境帕绍要塞处穿越因河,再往东去六十英里便在林茨以南较易防守的艾贝尔斯贝格大桥越过特劳恩河。从艾贝尔斯贝格过去,维也纳仅一百一十英里之遥,中途几乎没有天然障碍需要跨越。马塞纳奉命指挥前卫,对席勒军穷追猛打,拉纳随后跟进,达武则奉命在帕绍守卫交通线直至贝尔纳多特率萨克森军从南面的德累斯顿前来接替。勒费弗尔奉命向南经库夫施泰因隘道至因斯布鲁克以充当右侧卫,并镇压在蒂罗尔出现的任何反抗。欧仁亲王在威尼西亚正与约翰大公指挥的一个奥地利军交战。
马塞纳4月27日于帕绍强渡因河时没有遇到任何困难。但5月2日他在艾贝尔斯贝格强渡特劳恩河时,却遭到席勒后卫的顽强抵抗。该河在此流经一狭窄的峡谷,峡谷之上有一座长二百码的木桥。奥军密集的炮火可以纵射该桥。拿破仑曾命令马塞纳不惜一切代价向前推进,而这位元帅也几乎不折不扣地照命令行事,结果导致一场血战。在这场血战中,法军伤亡五千人,而奥军伤亡则在六千人以上,后者还被迫放弃了阵地。拿破仑在战斗结束之前赶到了战场,但他并没有试图用拉纳军迂回敌人侧翼。在匆忙之时,他对于战斗导致的伤亡一向不屑一顾,更何况此刻他急于抢在查理大公之前到达维也纳。
席勒在艾贝斯贝格阻滞马塞纳之后在茅特豪森渡过了多瑙河,并在维也纳以北与查理大公的军队会合。马塞纳继续前进,沿途几乎没有遇到抵抗。他于5月7日抵达阿姆施特滕,5月11日占领维也纳西郊。奥军守卫部队,在二十六岁的马克西米连大公的指挥下在内城进行了一番象征性的抵抗。拿破仑在市中心西南三英里的肖恩布鲁恩宫建立了大本营,5月12日下令炮轰内城。经过四小时的炮击,这个奥地利首都便投降了,法军遂于5月13日上午正式占领了该城,正好是在奥军入侵巴伐利亚一月之后。这是拿破仑在四年之内第二次占领奥地利首都。他向三十万居民发布告示说:
对良民我将提供特别保护,但对于骚乱不法分子我将严惩不贷。
拿破仑此时才发现自己对于敌军的行踪茫然无知,而且更使他恼火的是其参谋机构对他正与之作战的这个国家也未提供任何情报。他在写信给巴黎的陆军大臣克拉尔克将军的信中,愤慨地说:
你竟然未曾向我提供丝毫关于尼科尔斯堡和奥斯特里茨地区及维也纳附近的地图或地形报告,对此我极为不满。在我现有的地形资料中怎么也找不到我曾亲自命令你们搜集的那些情报。你只给我送来了一些有关因河的侦察报告,可这些东西对我早已无用了。你们按某些荒谬的规定只给我送正式抄本,而正式抄本费时费事,那些地图也未及时送达,不掌握关键性的情报,我只能受人摆布,……作战部门如果不能给指挥官们提供作战所必需的侦察报告,要它还有何用?马上传达我的命令在二十四小时内把有关摩拉维亚、波希米亚、匈牙利和奥地利的所有地图、计划、侦察报告和各种记录的原件都给我送来,我不要抄件。
拿破仑一向厌恶繁文缛节和办事拖拉。
在奥皇逃往波希米亚以及查理大公的军队也在多瑙河北岸销声匿迹之后,拿破仑现在的问题是促成第二次奥斯特里茨会战,一劳永逸地粉碎奥地利的军事力量。其第一步便是要在黑森林和巴伐利亚阿尔卑斯山区冰雪消融,河水泛滥之际,把全军送过多瑙河,然而此时奥军已破坏了河上的一切桥梁。5月11日,贝尔蒂埃给炮兵司令桑给斯[注:在法军中,当时所有的架桥作业都由炮兵承担,桑给斯将军(1761-1810)比拿破仑早五年在炮兵任职,他曾在拿破仑指挥下在意大利服过役,1799年在围攻阿克时战功卓著,1809年6月健康状况恶化,一年之后病逝。]发出了下述指示:
将军,皇帝的意图是明天或后天在多瑙河上架桥。因此,您务必通知舟桥部队尽一切可能搜集船只、绳缆和锚链。皇上希望将桥架在普雷斯堡(今捷克的布拉迪斯拉法)和维也纳之间。据信,多瑙河在菲什恰门德处(维也纳下游十八英里)是无岛屿的单水道。因此,您要派一名军官到该地去现场勘察或其它您认为适当的地方勘察。您派遣的军官应向利沃里公爵(马塞纳)报告,公爵的司令部设在通往普雷斯堡公路上的锡默林。所派军官可以请求派一支强大的骑兵护卫队掩护其侦察行动。
拿破仑指派马塞纳负责整个架桥行动。
但是,在洪水泛滥期试图将全军都送过多瑙河以追歼十万行踪不明的敌军,拿破仑此举的确是人们可以想见的最危险的军事行动。他一向是个大胆的赌徒,迄今为止在孤注一掷的战争赌博中他还一直是个赢家。在与博利厄、柯里、维尔姆泽、阿尔文齐、梅拉斯和麦克等一连串奥军将领较量时,他都大事讹诈,以求一逞。而现在他又只带十万人过河去追歼查理大公。
多瑙河在维也纳和普雷斯堡之间这段长四十英里的河道,在洪水泛滥的春季特别容易成为一种十分可怕的军事障碍。上一个世纪时,它还不断得到普遍的防护疏浚,但到1809年时,这段河道却变得蜿蜒曲折并被大小岛屿分割成无数条航道。虽然航道多就要额外多架设些桥梁,但作为补偿每座桥的长度和河水的流速也相应减下来了。拿破仑在接到侦察报告后决定将桥址选在凯泽埃伯斯多夫村对面,该村位于多瑙河右岸(即南岸),维也纳下游六英里处。多瑙河在此被一个地势低洼的江心岛洛鲍分成两大航道。主航道(即南边航道)宽720码,当中有一个沙质小岛可为架桥作业提供便利。洛鲍岛有三英里长,二英里宽,这就为大部队集结提供了充裕的场地。此外,还有一条宽仅140码的侧航道,其流速比主航道慢得多。