1925年,冯玉祥就任西北边防督办,有意联合西北回军势力,遂以马福祥为会办。马福祥慑于冯玉祥人多势众,只得表示依附,还将绥远都统一职让出。这样,马鸿宾也就成了冯玉祥隶下的宁夏镇守使。1925年9月,冯玉祥派部将刘郁芬代理其甘肃军务督办职务。1926年初,直、奉军阀联合攻打国民军,陇东镇守使张兆钾乘机通电声讨刘郁芬,并联合陇南孔繁锦与刘郁芬开战。马鸿宾担心张兆钾取胜会危及自己利益,企图通电调解消弭战乱,想在平番召集各方会议。但由于张兆钾提出了苛刻的条件,会议无法开成,使马鸿宾十分尴尬,最后还是冯玉祥派孙良诚、梁冠英、吉鸿昌等打败了张兆钾。
1927年4月,冯玉祥取销宁夏镇守使建制,改马鸿宾为国民革命军第二集团军第二十二师师长兼甘边剿匪司令。9月,冯玉祥又将马鸿宾第二十二师与郑大章骑兵师合建第四方面军第二十四军,由马鸿宾任军长,但郑大章师远在河南,马鸿宾实际上只掌握一个师而已。
1928年春,蒋介石复职后,与冯玉祥、阎锡山、李宗仁联合北上进攻奉系张作霖。马福祥预感到蒋介石的势力会不断壮大,所以设法靠拢蒋介石,希望将来在国民党内捞取更大资本。他趁蒋、冯率部北上之机,秘密离开冯玉祥,到徐州晋见蒋介石,陈述其&ldo;统一安定北方&rdo;大计,搏得蒋介石的好感。不久,即被蒋介石任为国民政府军事委员会委员、编遣委员会委员等职。1929年5月,冯玉祥、阎锡山联合反蒋。这时,马福祥已站到蒋介石一边,他暗中策动了冯玉祥部韩复榘、石友三、马鸿逵等倒冯投蒋。而马福祥自己,也在马鸿宾的巧妙安排下,脱离了冯玉祥的控制,由陕西到达南京。7月,马福祥即被蒋介石任命为青岛特别市市长,不久,又升任安徽省主席。
马福祥、马鸿逵父子倒冯投蒋,马鸿宾仍留在冯玉祥部。对马鸿宾,冯玉祥既使用又戒备。宁夏于1928年设省,冯部将领门致中、吉鸿昌先后任省主席。1930年5月,中原大战全面爆发,冯玉祥要调吉鸿昌部到河南前线,派马鸿宾继任宁夏省主席,但只准带五个营及手枪队等约两千人回宁夏。马鸿宾回到宁夏后,一面招兵买马,一面对众多的地方杂牌部队进行安抚和打击,暂时稳定住宁夏的局势。
1930年11月,中原大战结束,冯玉祥战败,当时,马福祥已升任民国政府蒙藏委员会委员长,马鸿宾因马福祥的关系,不仅为蒋介石所谅解,而且立即被委任为暂编第七师师长兼甘凉肃边防司令,接着又命代理甘肃省主席。1931年1月15日,马鸿宾赶到兰州就职。
马鸿宾为了巩固宁夏的地盘,只带一个步兵团、一个骑兵营、一个手枪营赴兰州,中途又让步兵团驻扎靖远,只以约两营兵力进入兰州。驻守兰州的西北军暂编第二旅旅长雷中田,表面归附蒋介石,实际上还秘密受冯玉祥的指使,有电台与冯保持联系。马鸿宾到兰州以后,由于不善理财和处理各方关系,渐渐与甘肃的地方大绅以及省保安司令马麟等发生矛盾,以致政令不出省城,陷于孤立地位。冯玉祥密令雷中田,准备发动政变,在兰州夺权,一举而推翻马福祥在甘、宁两省的势力。8月初,马鸿宾正式被蒋介石任命为甘肃省主席。这时,由蒋介石派往甘肃视察国民党党务的视察员马文车,富有政治野心,和雷中田相勾结,企图取马鸿宾而代之。8月25日,雷中田、马文车发动政变,率部队封锁城门,扣押了马鸿宾,并组织了甘肃临时政府,马文车为主席,雷中田为保安司令。此事,史称&ldo;雷马事变&rdo;。
雷马事变发生后,马福祥即在南京积极活动解救马鸿宾。这时,蒋介石也电令雷中田、马文车释放马鸿宾。这时,马麟已回到青海省任主席,也出面调停。临时省政府成立后,雷中田实力有限,难以左右局势。正当他骑虎难下之时,原北洋直系军阀头子吴佩孚由四川突然到兰州活动,力劝雷中田释放马鸿宾,以捞取政治资本。雷中田、马文车见有台阶可下,同意放人,条件是马鸿宾率部回宁夏。11月9日,由吴佩孚出面宴请兰州各界要人,特邀马鸿宾参加,既宣布已获释,又表示饯行。蒋介石深恐吴佩孚利用甘肃政局东山再起,遂令军队进攻兰州,雷中田、马文车、吴佩孚仓惶出逃。1932年,蒋介石任邵力子当甘肃省主度,渐渐控制了甘肃。
马鸿宾获释回到宁夏后,集中精力整顿部队,扩充兵力,企图再主政宁夏,但蒋介石不允许。后来,蒋介石发表马鸿逵为宁夏省主席,而马鸿宾则前往河南任第三十五师师长,马鸿宾借故仍留在宁夏。1932年8月,马福祥在涿州琉璃河旅途中病逝。马福祥病逝后,马鸿宾、马鸿逵在国民党中央失去了靠山,而蒋介石也深恐&ldo;诸马&rdo;在西北坐大,想法让他们与地方军阀火并而相互消灭。1933年冬,蒋介石命令孙殿英为青海西区屯垦督办,率部前往柴达木屯垦。孙殿英数万之众西进,使西北诸马感到威胁。蒋介石派往西北的甘肃绥靖公署主任朱绍良,也从自身利益着想,暗中指示三马合兵堵截,阻止孙部进入西北。1934年春,马鸿宾、马鸿逵与马步芳、马步青联合起来和孙殿英在宁夏打了一场大仗,史称&ldo;四马拒孙&rdo;战役,双方损失惨重。三个月之后,孙殿英退归太原,所部三万余人由胡宗南、阎锡山整编。