然而,督政府的战略目标却没有他这样野心勃勃。自上一年的十一月份以来,法国政府的实权掌握在五个督政官手中,他们是:勒图尔纳、卡尔诺、巴拉斯、勒贝尔和拉&iddot;莱波-雷韦伊埃。其中,卡尔诺号称&ldo;胜利的组织者&rdo;,是一位谨慎的计划师,显然也是督政府的战略顾问。他一向认为拿破仑对维也纳发动规模巨大的向心攻击的想法是一种疯狂的幻想。在3月6日给拿破仑的指示中,根本就没有提及这些遥远的战略目标。交给他的任务只有三项:一、征服皮埃蒙特;二、击败奥军;三、占领米兰公国。至于下一步干什么,卡尔诺的计划很简单:奥军在得到增援后将卷土重来,要准备在意大利与奥军再决雌雄;鉴于法国财力枯竭,整个意大利正躺在拿破仑的脚下,而意大利又是欧洲最富饶的国家,因此法国必须尽量榨取意大利的资源。5月7日,督政府命令拿破仑将其大部分兵力交给阿尔卑斯军团的克勒曼,由他接管米兰地区并牵制奥军。而拿破仑则率其剩余兵力南下劫掠,占领托斯卡纳和巴马,强迫热那亚贷款,进军罗马迫使教皇纳贡,最后,如有可能,就&ldo;解放&rdo;那不勒斯和科西嘉。
这种蓄意剪除鹰翼的做法使人不禁感到年长的卡尔诺对拿破仑颇有一点同行是冤家的妒忌心理。其他的督政官们也认为这只年轻的鹰飞得太高了一点,或许不仅会飞出视野而且还有可能对他完全失去控制。最后,他们提请这位总司令注意,他今后的军事行动必须经过军团特派员加兰和萨利切蒂的批准。5月14日,正是洛迪大捷后的第四天,拿破仑收到督政府下达的这些指示,便大发雷霆。他坚决抵制这些指示,不过,措词还客气。他对督政官们竟要他把军队一分为二并与年长的克勒曼共事特别恼火:
要克勒曼在意大利与我联合指挥的打算是失策的。我不可能自愿地与一位以欧州第一将才自居的人共事。此外,我认为即使用一位憋脚的将军主事也比用两位优秀的将军同时主事要好。
拿破仑对于部队调动必须报请特派员批准的指示也非常愤慨,尽管其中的一位是他的故交和同盟者利萨切蒂。最后,他提出了辞呈。
督政官们拗不过这位血气方刚的青年司令官,5月21日,卡尔诺以抚慰的措词又给他写了一封信,克勒曼的阿尔卑斯军团仍继续充当拿破仑的意大利军团的兵员补充站。
拿破仑在米兰停留了一周,以便休整并让他那衣衫褴褛的部队换装。他从当地居民中勒索了八十万英磅的巨款,用现金给部队发放了薪饷。帕维亚的居民起而造反,遭到了他的无情镇压。
米兰公国本是奥地利的一个封地,如今已在拿破仑的控制之下。他决定追击正在朝蒂罗尔溃逃的博利厄残部,为此,他必须穿越威尼西亚共和国的中立领土。5月27日,马塞纳的前锋进入布雷西亚。30日,他在瓦莱焦渡过明乔河并于6月1日在维罗纳设立了司令部。然而在瓦莱焦发生的一个意外的小事件却几乎使其总司令惨遭不测。马塞纳的前卫部队走后,拿破仑在桥边的一所农舍里歇息并进午餐。突然,一支奥军骑兵侦察队闯进了村子,一时枪声四起。由于周围没设警卫,拿破仑及其参谋人员几乎被俘,但总司令还是穿了一半衣服由后门逃了出去。这次侥幸逃脱后,拿破仑为自己建立了一支由两营掷弹兵(由拉纳上校指挥)和一个骑兵连(由贝西埃尔[注:贝西埃尔(1768-1813),1804年被晋封为元帅,1808年晋封为伊斯的利亚公爵,后来统率近卫军,在莱比锡战役中阵亡。]上尉率领)组成的私人卫队。这就是其后第一执政所拥有的,以及再往后发展为法兰西皇帝所拥有的那支近卫军的雏形。
到6月初时,拿破仑不仅从奥地利总督费迪南大公手中夺回了整个伦巴第,而且还侵犯了威尼西亚共和国的中立。他这样做并非师出无名,因为博利厄为了确保自己能退往特伦提诺,已经占领了威尼西亚的佩斯基耶腊要塞。这是著名的中世纪四边形要塞区中四座要塞的一座。这四座要塞是:佩斯基耶腊、维罗纳、莱尼亚戈和曼图亚,它们在西面扼守着通向威尼斯的要道。而这其中,唯一真正可守的要塞是曼图亚,它也是奥地利的一个封地。由于该要塞几乎完全为明乔河所环抱,而该河在这里又泛滥形成一座湖泊,因此,若进行一般的围城作战,曼图亚是攻不破的。这些要塞,尤其是维罗纳和曼图亚,对于尔后的军事行动十分重要,因为它们控制着波河流域沼泽状泛滥平原上的要道交叉点和河川渡口。博利厄本人带领一万四千人躲进了曼图亚要塞,余部则往北逃入蒂罗尔。
封锁曼图亚并暂时肃清残余奥军之后,拿破仑在威尼西亚境内,沿阿迪杰河右岸设置了一道警戒线。此时,为了安抚其主子,他决定去执行巴黎的督政官们在5月7日指示中责令他去执行的那种大规模的掠夺性远征。届时,其部下也可以乘机捞一把而不必冒招致伤亡的危险。
把阿迪杰河及南北维罗纳一线的警戒任务交给马塞纳之后,拿破仑于6月中旬起程,从事劫掠。首先,他派缪拉率一支快速纵队前往热那亚去维护法国在那里的权威;然后又派奥热罗率另一支纵队前往波伦亚,这是教皇国的一部分。他本人率第三支纵队也赶到了波伦亚,他威胁说要向罗马进军。6月23日,他与教皇庇护六世的代表签订了一项停战协定,结果法国迫使教皇割让波伦亚、裴拉拉和安科纳,并获取巨额赔款和梵蒂冈珍藏的大批油画、雕像和手稿等稀世之宝。尔后,拿破仑又闪电般地穿过亚平宁山脉,到达皮斯托亚、里窝那和佛罗伦萨,在那里他接受了托斯卡纳大公的投降。无论何地,凡敢抵抗者(如在拉韦纳附近的卢戈)他都无情镇压,严惩不贷。到7月中旬,他回到了设在米兰的司令部。